宝宝打完乙脑疫苗发烧可能是注射部位感染、疫苗接种反应、中枢神经系统感染、免疫介导性脑炎等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.注射部位感染

由于针头消毒不彻底或者操作不当导致局部细菌入侵，引起炎症反应，可能导致局部红肿、疼痛等症状。可遵医嘱使用抗生素进行治疗，如青霉素V钾片、阿莫西林胶囊等药物控制感染。

2.疫苗接种反应

疫苗接种后机体对疫苗产生免疫应答，出现发热的现象。这是正常的生理反应，通常会在数日内自行缓解。一般不需要特殊处理，注意观察体温变化即可。

3.中枢神经系统感染

如果患者存在中枢神经系统感染的情况，在受到外源病原体刺激后可能会诱发免疫系统的异常活化，进而影响体温调节中枢的功能，使体温调定点上移而引起发热的症状。针对中枢神经系统感染，需要及时就医并接受专业治疗，例如抗病毒治疗，包括更昔洛韦胶囊、利巴韦林颗粒等；如果是细菌感染，则需用抗生素治疗，比如头孢克肟颗粒、盐酸左氧氟沙星胶囊等。

4.免疫介导性脑炎

当机体发生免疫介导性脑炎时，免疫系统错误地将自身神经元作为外来抗原攻击，导致大脑组织受损和炎症反应，从而引起发热、头痛、认知障碍等症状。对于免疫介导性脑炎，常用的治疗方法是皮质类固醇，如甲泼尼龙注射液、醋酸泼尼松龙注射液等，可以抑制免疫反应，减轻症状。

建议密切监测孩子的体温变化，保持充足的休息，若持续高热不退，应及时前往医院儿科就诊，完善血常规、尿常规以及脑脊液分析等检查，以排除其他潜在的健康问题。