衣原体感染引起的咳嗽通常难以自愈，需要使用抗生素治疗。

衣原体是胞内寄生菌，能抵抗多种抗生素，因此单纯依靠自身免疫力无法有效对抗感染。如果不及时使用敏感抗生素进行治疗，可能导致病情恶化或转为慢性疾病。

如果患儿存在免疫缺陷或其他基础疾病，可能会影响咳嗽症状的好转速度。此时应考虑联合应用抗衣原体药物和其他支气管扩张剂等以缓解症状。

在治疗儿童衣原体感染时，应注意遵循医嘱正确用药，并监测病情变化，避免盲目停药导致耐药性产生。同时，家长还要做好孩子的护理工作，保持室内空气流通，多喝水，有利于促进疾病的恢复。