肛瘘手术后可能会有轻微至中度的疼痛，但也有可能没有明显不适。

肛瘘手术涉及切除受损的肛门皮肤及周围病变组织，会造成一定的组织损伤和炎症反应，因此会产生疼痛。但个体差异以及术后护理会影响疼痛的程度。

如果患者在术后出现剧烈或持续性疼痛，可能表明存在感染或其他并发症，需及时就医处理。

术后应遵循医嘱做好伤口护理，避免剧烈运动以减少疼痛，并观察是否有发热、脓液等症状。