孕囊小可能会出现先兆流产的情况，但不一定会自然流产。

孕囊是胚胎早期生长发育的基础结构，其大小反映了胚胎发育的状态。如果孕囊偏小，可能是由于黄体功能不足、染色体异常等原因引起的，容易影响胚胎的正常发育，进而增加发生先兆流产的风险。但如果及时发现并采取适当的保胎措施，如补充孕酮等，有助于改善子宫内膜环境，支持胚胎着床和发育，降低自然流产的发生概率。因此，并不是所有的孕囊偏小都会导致自然流产。

若孕妇在怀孕初期存在内分泌失调或甲状腺功能减退等问题，也可能会引起孕激素水平下降，从而影响到孕囊的正常发育，导致其偏小。此外，若孕妇年龄较大且卵巢储备功能较差，则卵子质量可能下降，受精卵发育受限，进一步导致孕囊偏小。

孕期中，建议定期监测孕囊大小以及HCG值的变化，以评估胎儿健康状况。同时，注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持良好的心态，有利于减少不良妊娠结局的发生。