衣原体阴性通常意味着没有衣原体感染，但不能排除支原体感染。

衣原体与支原体均为微小生物，都可能导致生殖系统和呼吸系统的感染。但是，衣原体感染可以通过特定的抗生素治疗，如阿奇霉素或多西环素，而支原体感染可能需要使用其他类型的抗生素，如克拉霉素或左氧氟沙星。因此，虽然衣原体阴性可以排除衣原体感染，但仍需进一步检查以确定是否存在支原体感染。

如果患者有症状且检测结果为阴性，则可能是假阴性或者处于潜伏期。此外，若存在非特异性阴道炎、宫颈炎等疾病时，也可能导致检测结果不准确。

在诊断衣原体感染时，应注意区分其与支原体感染的区别，并结合临床表现和实验室检查综合判断。建议患者定期复查，以便及时发现病情变化。