怀孕时子宫有囊肿一般不会引起疼痛。

囊肿通常为良性的子宫壁水疱样结构，不会对周围的神经产生刺激，因此不会引发疼痛感。但建议定期监测囊肿大小，以确保其不会影响到孕妇及胎儿的健康。若囊肿增大或伴有其他症状，则应及时就医进行专业评估和处理。

如果囊肿体积较大或者发生扭转、破裂等并发症，可能会出现腹痛的症状。

孕期妇女应注意关注自身身体变化，定期进行产检以及超声检查，以便及时发现并处理任何异常情况。