自然流产期间，女性体内激素水平发生剧烈变化，可能导致两侧卵巢疼痛。

自然流产时，机体处于一种应激状态，内分泌系统会释放大量的促肾上腺皮质激素、促性腺激素等激素，这些激素的变化会引起卵巢组织的水肿、充血以及间质细胞增生，从而引发疼痛感。此外，流产过程中可能会引起轻微的子宫收缩，这种收缩也会间接影响到卵巢，导致疼痛加剧。

如果患者在流产后出现持续性的腹痛或阴道出血量较多，则需考虑是否为难免流产或其他并发症所致，建议及时就医以明确诊断并接受相应治疗。

因此，在自然流产的过程中，女性应注意观察自身症状变化，若发现异常应及时就医诊治，以免延误病情。