衣原体生殖道感染是严重的性传播疾病，因为其与多种并发症相关，包括不孕不育、宫颈炎及子宫内膜炎等。

衣原体通过繁殖迅速破坏生殖系统的上皮细胞，进而引发炎症反应。若未及时治疗，会导致输卵管阻塞，引起不孕不育；此外，衣原体还可与其他病原体如淋球菌协同作用，增加宫颈炎及子宫内膜炎的发生率。

在极少数情况下，某些患者可能对治疗药物产生耐药性，此时需要调整治疗方案。

预防衣原体生殖道感染的关键是避免高危性行为，并定期进行性健康检查。使用安全套可以降低感染风险，但并不能完全消除，因此建议采取综合措施保护自己和伴侣的健康。