衣原体感染咳嗽反复可能是由于病原体未被清除、耐药性产生或并发症发生。

衣原体在宿主体内存在时，其产生的蛋白酶会损伤呼吸道上皮细胞，使细胞通透性增加，引发炎症反应，从而导致咳嗽。若不及时治疗或不当使用抗生素，可能会导致细菌产生耐药性，进一步延长病情恢复时间。对于有慢性呼吸系统疾病的患者，因其呼吸道防御功能较弱，更容易受到衣原体的入侵和感染，进而出现咳嗽反复的现象。

衣原体感染咳嗽反复还可能与免疫状态低下有关，因为机体免疫力下降，无法有效抵御衣原体的侵袭，导致感染持续存在。

针对衣原体感染引起的咳嗽，应遵医嘱使用阿奇霉素或多西环素等抗菌药物进行治疗。同时，保持充足的休息，避免吸烟和接触有害气体，有利于促进病情康复。