闭经5个月还有痛经可能是多囊卵巢综合征、子宫肌瘤等原因导致的，需要针对具体病因进行针对性处理。

多囊卵巢综合征是一种复杂的生殖内分泌代谢疾病，常表现为月经不规律、不孕、多毛等症状，此时可出现闭经的现象；由于雄激素升高、持续无排卵、卵巢多囊样改变等，影响正常生理周期，从而引发上述症状。子宫肌瘤是女性生殖系统常见的良性肿瘤，当子宫肌瘤体积较大时，会对宫腔造成压迫，影响正常的月经来潮，从而出现闭经的情况。此外，还可能会对周围组织产生刺激作用，导致疼痛感加剧，出现痛经的症状。对于多囊卵巢综合征所致的闭经，患者可以在医生指导下使用炔雌醇环丙孕酮片、醋酸甲羟孕酮片等药物进行调理。如果是子宫肌瘤导致的，则需通过手术切除的方式进行治疗，比如子宫肌瘤剔除术、子宫切除术等。

如果患者存在长期压力过大或过度节食减肥等情况，也可能会引起下丘脑-垂体-性腺轴功能异常，进而导致闭经的发生。此类患者应调整心态，适当增加饮食摄入量以维持机体营养需求。

针对闭经伴有痛经的情况，建议患者定期进行妇科检查以及超声波检查，监测体内激素水平变化，以便及时发现并处理潜在的问题。