顽固性沙眼衣原体感染是因为沙眼衣原体在体内持续存在并复制，导致反复感染。

因为沙眼衣原体在体内持续存在并复制，所以会导致反复感染。此时患者的免疫系统会对这些微生物产生记忆应答，但无法完全清除它们。这主要是因为沙眼衣原体具有一定的耐药性，并且能够通过多种途径逃避宿主的免疫防御机制。因此，当患者出现长时间不愈合的症状时，应及时就医进行进一步检查以确定是否存在耐药性或其他并发症。

如果患者有长期使用抗生素或激素的历史，可能导致细菌产生耐药性，进而影响治疗效果。

针对顽固性沙眼衣原体感染，建议采取个体化、综合性的治疗方法，包括药物治疗与生活方式调整相结合，以提高治愈率。