自然流产后三天肚子疼可能是正常的生理反应。

自然流产后三天肚子疼通常是由于子宫收缩引起的，这是为了将剩余的组织排出体外。这种疼痛一般为阵发性，程度较轻，且随着时间的推移而减轻。如果疼痛持续时间较长或者疼痛程度加剧，建议咨询医生以排除其他潜在的问题。

此外，若患者在术后未做好个人护理工作，导致细菌侵入机体诱发感染，则可能会出现腹痛、发热等症状。此时可通过血常规检查、超声波检查等明确诊断。

女性应注意观察自身症状变化，若发现异常应及时就医，并完善相关检查，以便及时处理并减少并发症的风险。