生殖衣原体感染男性时，由于炎症反应和免疫应答，可能会导致精子活力下降、数量减少等问题，影响生育能力。

生殖衣原体感染男性会导致生殖系统炎症，炎症会损伤精液中的营养物质，从而降低精子的存活率；同时，炎症因子还会影响精子的运动能力，使其变得不活跃甚至死亡，进而影响到男性的生育能力。

如果患者在治疗期间存在药物不良反应或过敏史，可能需要调整用药方案。此外，若患者有既往病史如高血压等，需考虑其对药物代谢的影响。

在治疗生殖衣原体感染的过程中，患者应注意个人卫生，保持外阴干燥清洁，并遵循医嘱完成整个疗程以避免耐药性产生。