自然流产休假期间通常不会扣除工资。

自然流产属于法定医疗期范畴内，依法享有相应的带薪休假权益。若公司存在不合理扣除行为，可向劳动监察部门投诉举报。

如果员工在自然流产后需要长期休息或治疗，且符合法律规定的医疗假期条件，则一般情况下不应扣除其工资。但具体情况可能因地区、公司政策而异。

在处理自然流产后的请假申请时，应关注当地法律法规及相关公司政策，并确保与人力资源部门沟通明确。同时，还应注意保护个人隐私，避免因不当言论引起不必要的困扰。