衣原体感染与肺结核的区别在于前者主要由衣原体引起，可通过性传播，后者由结核分枝杆菌引起，通过空气飞沫传播。

衣原体感染是一种自限性疾病，症状较轻，预后良好；而肺结核是慢性传染病，传染性强，需要长期抗结核治疗。此外，两者的致病机理、临床表现及实验室检查结果也有所不同。

除了上述两种疾病外，还应考虑支原体肺炎的可能性。该疾病由支原体感染引起，通常也会出现咳嗽、咳痰等症状。此时，医生可能会建议进行血常规、胸部X线或CT扫描以及PCR检测以区分三种疾病。

在诊断衣原体感染和肺结核时，应注意避免混淆两者之间的差异，并遵循正确的诊断流程以确保准确诊断。同时，在治疗过程中，患者应保持良好的个人卫生习惯，如勤洗手、多通风等，有助于减少交叉感染的风险。