药流两个月腹痛、腰酸、腿酸可能是由子宫内膜炎、宫颈管粘连、下肢静脉血栓形成等疾病因素导致的。

上述提及的疾病都与药流后的身体恢复过程有关，这些疾病可能会导致疼痛症状。子宫内膜炎是由于子宫内膜受到感染引起的，会导致腹痛和腰酸；宫颈管粘连会影响宫颈口的通畅，引起腹痛和腰酸，并可能伴随月经不调；下肢静脉血栓形成会引起下肢肿胀和疼痛，进而放射到腰部和腹部，引起腰酸和腹痛。因此，如果症状持续存在，建议及时就医进行详细检查以确定具体原因并接受相应治疗。

还应考虑是否有附件炎或盆腔炎的可能性，因为这些炎症也可能引起腹痛、腰酸等症状。此外，患者还要注意是否存在发热、阴道分泌物异常等情况。

在药流后出现腹痛、腰酸、腿酸的症状时，应注意休息，避免过度劳累，同时观察有无出血量增多或其他不适症状。若症状持续不缓解或者加重，应及时复诊评估是否需要进一步诊治。