肺炎衣原体感染后咽炎的诊断通过临床表现及实验室检测来确认。

临床表现为咽干、咽痒、咽痛等典型症状，结合实验室检测中衣原体特异性IgM抗体阳性或核酸检测阳性，可确诊为该疾病。

如果患者存在长期吸烟史且出现咳嗽、咳痰等症状时，可能需要考虑慢性支气管炎、肺结核、肺癌等其他肺部疾病的可能。这些疾病也可能导致呼吸道不适，因此需进一步完善胸部CT检查以排除上述疾病。

在诊断肺炎衣原体感染后咽炎的过程中，应避免使用含漱剂和口腔清洁剂，以免影响咽部细胞学检查的结果准确性。同时，建议患者在医生指导下接受治疗，并注意休息，保持良好的生活习惯，有助于促进病情恢复。