小便时尿道口疼痛流脓通常是由尿路感染所致。

尿路感染是病原体侵袭泌尿系统引起的炎症反应，炎症会导致尿道黏膜充血水肿，易受到刺激而引发疼痛感。当炎症进一步发展时，可能会有渗出物流出，表现为尿道口疼痛伴流脓的症状。患者需要及时就医进行相应的检查和治疗，以免病情加重。

如果症状持续不缓解或伴有发热、腰痛等症状，则可能是急性肾盂肾炎等疾病的表现，需及时就医以排除其他病因。

在诊断明确为尿路感染后，应遵循医嘱使用抗生素治疗，并保持充足的水分摄入，以促进细菌排出。同时，个人卫生习惯的维护也是预防尿路感染的重要措施。