药物的副作用与其成分及性能、用药途径、剂量、使用的频率、时间长短等密切相关。短效避孕药（下文简称COC）与紧急避孕药（下文简称ECP）都是口服用药，除用药途径相同外，在其他影响因素方面均有所不同，因此副作用的表现可能各异，很难用孰大孰小做简单的比较。
ECP与COC的成分不同，一类产品含有孕激素左炔诺孕酮，另一类产品则仅含有抗孕激素米非司酮，由于这两类ECP都不含雌激素，所以与COC相比，服用ECP后恶心、头疼等由于雌激素引起的适应性反应相对轻微些。另一方面，ECP每片所含的孕激素剂量比单片COC所含的左炔诺孕酮的剂量要大，而且，ECP的疗程很短，间隔12小时服用两次，或只单次服用一次就可以，所以，服用ECP后短时间内发生撤退性出血的情况就比较多见，而且还会使下次月经的时间提前或推迟。COC则相反，连续21天服用，血药浓度持续平稳，停药后3-5天发生撤退性出血，出血的周期与正常月经非常相似，很容易为女性所接受。如此看来，ECP对月经出血模式的影响要大于COC。
尽管COC与ECP的副作用在表现形式和程度有所不同，但总体而言，它们的副反应发生率都不高，且程度轻微，持续时间不长，一般不需要治疗。在使用前或发生副反应时，最好充分了解副反应发生的机理，必要时咨询医师、药师等专业人士，以便放心使用。
