肠胃即胃肠，在出现胃肠功能紊乱、胃炎等疾病时可有腹部不适症状。此时患者通常可以遵医嘱服用藿香正气水进行治疗或调理，但如果对其中成分过敏，则不建议使用。
藿香正气水中含有苍术、陈皮、厚朴(姜制)、白芷、茯苓、半夏(姜制)、甘草浸膏等药材，具有解表化湿、理气和中的作用，适用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，如头痛、恶心、呕吐、腹胀等症状。如果存在胃肠功能紊乱导致的腹泻、腹痛等情况，一般可以在医生指导下使用该药物缓解不适症状。
但需要注意的是，若自身对于藿香正气水所含有的某种成分过敏，应避免应用此药，以免诱发皮肤瘙痒、红疹、呼吸困难等不良反应。此外，由于藿香正气水中含有酒精，因此孕妇及哺乳期妇女应在专业医师指导下规范用药，而儿童则需要在成人监护下使用。
除此之外，从现代医学角度来说，胃肠受凉可能是进食生冷食物、寒冷空气刺激等因素引起，此时通常不需要使用中成药来调理，而是应该及时调整饮食结构，并注意腹部保暖即可。
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