肛门神经官能症属于功能性精神障碍的一种类型，患者常有多种身体不适感和植物神经系统功能异常的症状。对于该病的治疗主要是通过心理疏导、药物对症等方法缓解症状。
一、对因治疗
肛门神经官能症的发生与情绪紧张密切相关，因此在治疗上应以调整心态为主，可以进行心理咨询，帮助患者了解疾病的性质，消除顾虑，保持乐观的心态，并配合医生积极治疗。
二、对症治疗
1.镇静剂：如地西泮片、艾司唑仑片等苯二氮卓类药物，以及氯硝西泮片等巴比妥酸类药物，可起到抗焦虑的作用，从而改善患者的躯体不适症状。
2.5-羟色胺再摄取抑制剂：如盐酸舍曲林胶囊、马来酸氟伏沙明片、盐酸帕罗西汀片等药物，能够选择性阻断中枢神经系统5-羟色胺再摄取，增强中枢5-羟色胺的功能，从而减轻患者的疼痛、瘙痒等症状。
3.H1受体拮抗剂：如马来酸咪达唑仑片等药物，可用于治疗失眠及焦虑状态下的继发失眠，还可用于麻醉前给药诱导麻醉和全麻手术的术前给药，也可有效缓解患者的睡眠问题。
4.其他：部分患者存在明显的疼痛症状时，还可以使用布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等非甾体消炎药止痛，或口服复方水杨酸片等阿司匹林制剂退热。
三、不良反应较小的中药
中医认为肛门神经官能症是由于情志不畅所致，因此可以通过服用一些具有疏肝解郁作用的中成药来调理，比如丹栀逍遥丸、加味逍遥丸、舒肝解郁胶囊等，也可以采用针灸疗法，如选神门穴(腕后区腕横纹正中直上0.5寸)、内关穴(腕侧远端横纹上2寸，尺桡骨间隙中点)等穴位，达到安神定志的效果。
此外，在日常生活中还要注意避免进食辛辣刺激性的食物，同时要忌烟酒，以免加重病情。
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