临床上子宫内膜异位症通常会与盆腔炎、卵巢囊肿、黄体破裂等良性病变以及宫外孕、妊娠滋养细胞肿瘤等恶性病变进行混淆。如果出现腹痛等症状怀疑存在子宫内膜异位症时，建议及时就医完善相关检查帮助确诊。
一、良性病变
1.盆腔炎：当患者发生盆腔炎后可导致局部组织充血、水肿，并且由于炎症刺激也可产生疼痛症状，此时可能会被误认为是子宫内膜异位症。此类情况下需要积极治疗原发性疾病，遵医嘱使用注射用头孢曲松钠、阿奇霉素片等药物控制感染。
2.卵巢囊肿：若在妇科检查时发现一侧或两侧卵巢呈囊性或实性包块，则可能患有卵巢囊肿，囊肿增大过程中可引起下腹部坠胀感和腰骶部酸痛，也会有经期前的痛经表现，从而造成子宫内膜异位症的假象。但通过超声检查一般能够鉴别诊断，对于直径较大的卵巢囊肿可通过手术切除。
3.黄体破裂：育龄女性月经周期中卵泡发育成熟并排卵形成黄体，在黄体期内壁毛细血管扩张，一旦受到外力作用就可能导致黄体破裂出血，主要表现为突然发生的下腹部撕裂样疼痛，伴有恶心、呕吐、面色苍白、大量出汗及明显腹胀，严重者可发生晕厥或者休克。虽然也有痛经的表现，但是与子宫内膜异位症不同，可以通过超声检查予以辅助判断。
4.宫外孕：是指受精卵在子宫腔以外的位置着床，早期无特异性症状，仅出现停经史，随着病情进展可能出现剧烈腹痛，而易与子宫内膜异位症相混淆。但是通过抽血化验HCG值以及超声检查一般能够明确诊断。
5.妊娠滋养细胞肿瘤：如葡萄胎，典型临床表现为停经后阴道流血，之后会出现阵发性阴道流血，类似不规则的阴道流血伴缺铁性贫血的症状，容易与子宫内膜异位症相混淆。但是通过人绒毛膜促性腺激素水平测定以及超声检查可以鉴别。
二、恶性病变
子宫内膜异位症病灶持续性生长，可能发生恶变成为子宫内膜异位癌，其常见症状为下腹部包块、下腹痛、月经异常等，容易与宫颈癌、子宫内膜癌等恶性病变相混淆。因此怀疑存在上述疾病的患者需及时前往医院妇产科就诊，完善视诊、B超等检查以明确病因。
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