上海治疗核上性垂直性眼肌瘫痪的医院可以考虑复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、上海交通大学医学院附属新华医院、上海同济医院、上海瑞金医院、上海市第一人民医院等。由于该疾病较为复杂，建议在专业神经科或眼科医生的指导下进行治疗。
1.复旦大学附属眼耳鼻喉科医院
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院是国家卫生健康委指定的眼底病诊疗中心，致力于各种复杂疑难眼底疾病的诊治。该医院在黄斑疾病、视神经及视路疾病等方面具有丰富的临床经验，且其在这些领域的研究处于国内领先地位。
2.上海交通大学医学院附属新华医院
上海交通大学医学院附属新华医院是三级甲等综合医院，设有神经内科，能够满足患者就医需求。该医院神经内科在脑血管病、运动障碍性疾病、神经系统变性疾病、周围神经疾病等领域开展了多项新技术新项目，为患者提供全方位的医疗服务。
3.上海同济医院
上海同济医院是一所集医疗、教学、科研于一体的综合性大型医院，拥有先进的设备和技术力量，在眼科领域享有较高声誉。该医院的眼科专家团队经验丰富，擅长各类眼部疾病的诊断和治疗，包括角膜炎、青光眼等。
4.上海瑞金医院
上海瑞金医院是一家三级甲等公立医院，设有神经内科，可为患者提供专业的诊疗服务。该医院的神经内科在中枢神经系统感染、帕金森病、痴呆、癫痫、头痛、眩晕等领域积累了丰富的经验，能够有效地诊治多种神经系统疾病。
5.上海市第一人民医院
上海市第一人民医院是三级甲等医院，设有神经内科，可以满足患者的就医需求。该医院的神经内科在脑血管病、神经退行性疾病、睡眠障碍、运动障碍性疾病、神经肌肉接头疾病等领域开展了一系列高水平的研究工作，为患者提供了高质量的医疗服务。
建议患者在选择医院时要考虑交通便利性和床位数量等因素。同时，应避免过度劳累，保证充足休息，以减少症状加重的风险。
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