肠切除肠吻合术的禁忌证包括一般情况差、重要脏器功能不全等内科疾病不能耐受手术者；凝血机制障碍者；心肺肝肾等功能不健全者。此外，对于部分患者而言，如果既往有吻合口复发或出现严重并发症的情况，则也不宜进行肠切除肠吻合术。
1.一般情况差：如严重的营养不良、恶病质状态以及老年体弱无法耐受手术者均属于相对禁忌证，需要慎重选择是否行肠切除肠吻合术治疗。
2.重要脏器功能不全：若存在急性心肌梗死、脑血管意外、高血压危象、重症糖尿病等重要脏器功能不全时，也需谨慎选择此术式。
3.凝血机制障碍：由于在做肠切除肠吻合术后可能会使用止血材料及缝线进行处理，在发生出血时可起到一定的止血作用。因此，对于凝血因子缺乏、凝血酶原过低、血小板减少以及严重的贫血等情况较差的患者，不宜采用该术式进行治疗。
4.心肺肝肾等功能不健全：患有心脏病、慢性肺疾病的患者通常会增加开腹操作的时间和难度，而且此类患者的呼吸状况相对较差，容易加重心脏负担，所以这类患者应慎用这一术式。另外，肝脏、肾脏的功能异常也可能影响肠道愈合，故而也需要根据具体情况来判断能否进行肠切除肠吻合术。
5.吻合口复发：若之前做过肠切除肠吻合术，但后期发现吻合部位又出现了肿瘤复发的情况，则不适合再次采取肠切除肠吻合术的方式进行治疗，以免导致病情进一步恶化。
6.严重并发症：若之前已经有过多次肠切除肠吻合术史，并且在手术后经常出现恶心、呕吐、腹泻等症状，甚至引起肠瘘、消化道出血等严重并发症的情况下，此时也不适宜再进行肠切除肠吻合术。
建议肠切除肠吻合术前完善相关检查，明确自身是否存在上述禁忌证，如果没有则可以考虑通过肠切除肠吻合术来进行治疗。但在手术之后也要注意伤口的清洁卫生，防止感染的发生。
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