苗栗县立苗栗医院、中国医药大学附设医院、马偕医院、长庚大学林口长庚医院、荣民总医院是医治先天性巨结肠的医院。先天性巨结肠的治疗需要专业的小儿外科医生进行，建议在确诊后及时前往上述医院进行治疗。
1.苗栗县立苗栗医院
苗栗县立苗栗医院是当地的一所综合性医院，设有儿科科室。该医院的儿科专业领域包括新生儿疾病、儿童生长发育等，其优势在于拥有先进的设备和技术力量。
2.中国医药大学附设医院
中国医药大学附设医院是一家大型教学医院，擅长多种复杂疾病的诊治。该院在消化系统疾病如先天性巨结肠的治疗方面具有丰富的经验，且具备先进的诊疗手段。
3.马偕医院
马偕医院是一所历史悠久的私立综合医院，在医疗技术和服务质量上享有良好声誉。该院的胃肠外科团队在先天性巨结肠等消化道畸形的手术治疗中积累了丰富经验，并可提供全方位管理方案。
4.长庚大学林口长庚医院
长庚大学林口长庚医院是台湾知名的医学中心之一，设有完整的肠道专科门诊及病房服务。该医院的肠道科专门处理各种消化道相关问题，对于先天性巨结肠有标准化诊断流程和创新治疗方法。
5.荣民总医院
荣民总医院为退伍军人事务部所属之特约医疗机构，设有完善的肠胃科门诊及病房设施。该医院在先天性巨结肠的诊断与管理方面经验丰富，并能为患者提供多学科合作模式下的整体照顾。
先天性巨结肠是一种罕见但严重的消化道疾病，需及时由专业医生进行评估和治疗。建议密切监测患儿症状变化，避免使用可能加重病情的药物，并确保充足的营养摄入以支持机体恢复。
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