衣原体感染如果经过积极治疗，通常不会留下后遗症。衣原体感染常见的后遗症是衣原体性盆腔炎、衣原体性肺炎等，可能会引起尿频、尿急、尿痛、月经紊乱、宫外孕等情况。
1、尿频、尿急：衣原体感染后，可能会刺激尿道，引起尿道发炎，男性还可以引起尿道狭窄，出现尿频、尿急的后遗症。女性可能会发生尿道炎、盆腔炎，由于炎症刺激可能会造成尿道狭窄，出现尿频、尿急等后遗症;
2、尿痛：如果衣原体感染发生在尿道，尿道可能会发生炎症、水肿，炎性物质刺激尿道黏膜，引起尿痛的后遗症;
3、月经紊乱：如果衣原体感染发生在宫腔内，可能会引起子宫内膜炎，造成子宫内膜破坏，可能会影响子宫内膜的正常脱落，造成月经紊乱的后遗症;
4、宫外孕：如果衣原体感染发生在输卵管，由于输卵管的管腔比较狭窄，可能会导致受精卵在输卵管内无法正常运行，导致受精卵在输卵管内着床，引起宫外孕的后遗症。
衣原体感染后，患者需要积极进行治疗，可以遵医嘱选用四环素、多西环素、米诺环素、红霉素、阿奇霉素等药物进行治疗。在治疗期间，患者要注意多饮水、勤排尿，如果尿频、尿急的症状逐渐好转，可以继续治疗，如果症状没有明显改善，建议及时更换药物。
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