肠道真菌感染通常需要通过体格检查、实验室检查进行初步诊断。如果确诊为肠道真菌感染，则可能还需要根据具体情况选择影像学检查等方法明确诊断，并及时治疗。
一、初步诊断
1.体格检查：包括观察生命体征是否稳定，如体温、脉搏、呼吸和血压是否平稳，以及是否存在脱水的情况。同时还要对腹部进行触诊，看是否有压痛、反跳痛及腹胀等情况，必要时可进行肠鸣音听诊等。
2.实验室检查：主要包括血常规、C-反应蛋白、降钙素原、粪便真菌培养等。若出现白细胞升高或降低，中性粒细胞增高或减低，伴或不伴有核左移现象，提示存在细菌混合性感染。而当发现有明显的真菌感染相关标志物，比如隐球菌抗原阳性或者酵母菌孢子阳性时，可以基本确诊为肠道真菌感染。
3.其他检查：还可以做胸部X线片、CT等影像学检查，以排除肺部的真菌感染。另外，还可进行胃镜检查，了解患者胃肠道情况，辅助判断病情进展程度。
二、进一步检查
一旦怀疑是肠道真菌感染则需尽快送检病原微生物培养，对于指导临床用药具有重要意义。待培养结果出来后可根据药敏试验的结果来调整抗生素的选择，常用的药物包括伏立康唑胶囊、伊曲康唑分散片等。
在日常生活中要注意饮食卫生，避免进食隔夜食物，以免增加发生肠道真菌感染的概率。此外，在身体条件允许的情况下，还应适当加强运动锻炼，有助于增强体质，减少疾病的发生几率。
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