如果患者发生颌骨囊肿时没有症状，则可以暂时不进行治疗。但如果出现不适症状或影响到正常生活，则需及时通过药物、手术等方法治疗。另外对于不同类型的囊肿所采取的治疗方法也不相同。
一、不需要治疗的情况
部分患者的颌骨囊肿生长较慢且无明显变化，也没有产生压迫性症状，此时可先观察暂不行处理，定期复查即可。
二、需要治疗的情况
1.生理性囊肿：如含牙囊肿和成釉细胞瘤，一般不会自行消失，但若未引起明显的临床症状，则无需特殊治疗。当囊肿体积较大时，可能会对周围组织造成压迫，导致牙齿移位或者吸收，甚至会引起病理性骨折，因此建议尽早配合医生使用刮治术去除病变部位，并注意将囊壁完全切除，避免残留后复发。
2.病理性囊肿：比如鼻腭囊肿、根尖囊肿以及始基囊肿等，在早期通常不会有明显症状，但是随着病情发展会导致囊肿增大，从而形成半球形膨隆，严重者还会伴随疼痛等症状。此时则需要在医生指导下服用消炎类药物进行抗感染治疗，比如阿莫西林胶囊、头孢克肟片等。如果囊肿比较大，还需要遵医嘱采用刮除植骨术或者是外科手术等方式进行治疗。
3.寄生虫囊肿：比如发生在下颌骨内的表皮囊肿及潴留囊肿，由于囊腔内含有寄生虫而得名，患病期间会出现食欲减退、吞咽困难以及全身乏力等多种不良反应。对此可以通过口服驱虫药进行改善，比如吡喹酮片、甲苯咪唑片等，必要时也可以采取刮治术治疗。
4.其他情况：如果是角化囊肿，常会继发于上颌磨牙根尖部，有时也会出现在其他牙源性的囊肿中，发病时会使囊肿逐渐增大并突出于黏膜表面，呈现为圆形或是椭圆形的结节状突起。一旦确诊，应及时给予刮治术治疗。术后还要做好护理措施，保持口腔卫生，防止细菌滋生。
此外，若是囊肿位于下颌第三磨牙颊侧，而且已经引起咬合关系错乱等情况，则可能需要拔掉患牙再进行囊肿刮治。日常生活中也要养成良好的生活习惯，做到饭前便后勤洗手，以免增加感染几率。
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