对于患有先天性短颈综合征的患儿，主要治疗原则是加强护理、预防感染。若出现呼吸困难等症状，则需要进行对症支持治疗以及手术治疗等。
一、一般治疗
由于患儿颈部肌肉力量较弱，头易向后仰而影响呼吸功能，因此在喂养时需将头部处于俯卧位，并且使头与躯干呈一直线，在保证正常进食的情况下可逐渐训练抬头动作。另外，还应避免使用吸管喝水，必要时可以使用滴管或注射器帮助饮水，以免发生呛咳的情况。
二、药物治疗
如果存在呼吸道感染的情况，通常可以在医生指导下应用阿莫西林胶囊、氨苄西林胶囊等药物控制感染。
三、对症支持治疗
1.鼻饲：当患儿无法经口摄入足够的营养物质时，可能需要采取鼻饲的方法补充机体所需的营养成分，如脂肪乳剂、氨基酸颗粒等。
2.氧疗：部分病情严重的患者还需要通过吸氧的方式改善缺氧的症状，以维持正常的生理功能。
3.呼吸机辅助通气：如果并发了呼吸窘迫综合征或者是呼吸衰竭等情况，还需采用呼吸机辅助通气的方式来提高患者的生存质量。
4.其他措施：如果伴有癫痫发作的情况，还可以遵医嘱服用卡马西平片、苯妥英钠片等抗癫痫类的药物进行治疗。
四、手术治疗
针对骨骼畸形明显的患者，可以通过切开矫形术等方式进行处理，从而纠正异常姿势，但术后可能会留下疤痕。
此外，如果患儿合并有脑积水，也可以配合医生选择脑室腹腔引流术等方式进行治疗。若发现患儿身体不适症状加重，应及时就医明确诊断，避免延误病情。
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